No es un bug. La idea de las ciudades protegidas es que si atacás a alguien, los guardias te atacan. Si un ladrón logra sacarte objetos, significa que nadie lo ha visto, entonces si vos le disparás, los guardias te atacan, siguiendo la lógica de las ciudades protegidas.
Si el ladrón falla, los guardias dicen algo así como "cuidado, (tu nombre), parece que (ladrón) está interesado en tus pertenencias". Si y sólo si ese mensaje aparece, al ladrón se le puede disparar tranquilamente, pero si no aparece ningún mensaje de los guardias no ataques.
CUIDADO: si atacás a un ladrón desprotegido con un arma con tipo de ataque "burst", es posible que alguna de tus balas toque a un guardia, y esto también hará que los guardias te ataquen, aunque sea un accidente.
Nunca comercies en un mapa "normal", en especial si se trata de una ciudad protegida, menos si hay mucha gente, y mucho menos si es Shady Sands (NCR).
Para comerciar tranquilo, decíle al otro jugador que te siga al worldmap, y ahí pueden comerciar sin problemas.